Es bleibt auf diesem Teilstück bei Fahrplanänderungen und Schienenersatzverkehr (SEV) mit Bussen, die zu anderen Zeiten abfahren und ankommen als die Züge des Regelfahrplans. Die S 3 zwischen Salzburg, Freilassing und Bad Reichenhall verkehrt planmäßig. Fahrgäste finden auf der Webseite (www.brb.de) Sonderfahrpläne und die SEV-Haltestellen zum Download. Im Sonderfahrplan nicht aufgeführte Zugverbindungen fahren an allen Tagen ohne Abweichung nach dem Regelfahrplan.