Nach dem Ende seiner Laufbahn als Spieler wechselte Brandner ins Traineramt und bildete sich regelmäßig an der Sportschule in Unterhaching weiter. 13 Jahre lang führte Brandner den TSV 1883 Berchtesgaden als Trainer durch dick und dünn, ehe der Ruf von anderen Vereinen folgte. So trainierte er auch einmal den früheren Bezirksligisten FC Bischofswiesen.
Doch seine heimliche Liebe waren österreichische Vereine. So wirkte Michael Brandner als Trainer beim ehemaligen Bundesligisten SV Grödig und arbeitete dabei eng mit dem ehemaligen österreichischen Nationalspieler und Bundesligaprofi bei Werder Bremen, Heimo Pfeifenberger, zusammen. Aber auch die Union Henndorf am Wallersee wurde auf den versierten Fußballlehrer aufmerksam, wo Brandner ebenfalls erfolgreich arbeitete.
In den letzten Jahren kamen immer wieder Offerten von höherklassigen österreichischen Fußballvereinen. Doch Brandner sagte allen ab, weil er seine Trainermission als beendet sah. Doch in den letzten Tagen bemühte sich sein alter Verein TSV Berchtesgaden um Brandner. Und nach kurzer Bedenkzeit sagte Brandner zu und möchte das Team der SG Berchtesgaden/Ramsau weiter nach vorne bringen. Christian Wechslinger